Otimização de um algoritmo de reordenamento de redes de interações proteicas pela implementação de um dicionário de dispersão

Abstract

Tabelas de dispersão - ou tabelas hash - são amplamente utilizadas como estruturas de dicionário, principalmente por seus métodos rápidos de busca e inserção, que associam palavras umas às outras. O Transcriptograma é uma técnica que permite a análise de expressão gênica na escala de um genoma completo. É possível obter o estado metabólico de uma célula ou tecido reordenando sua rede de interação proteína-proteína (PPI). Este trabalho objetiva melhorar o desempenho de um algoritmo de reordenamento de redes de interações proteicas. Um novo dicionário, de dispersão, foi implementado a fim de acelerar o processo de reordenamento de PPIs, associando e armazenando os nomes das proteínas em uma tabela hash mais rapidamente do que a antiga e iterativa lista encadeada. Os resultados são favoráveis à nova estrutura, sendo esta mais eficiente do que a lista encadeada em matéria de tempo dispendido nos reordenamentos e equivalente à estrutura antiga quanto ao consumo de RAM. Tal melhoria se deve especialmente ao hashing do dicionário de dispersão.